Prüser promovierte 1991 am Institut für Strömungsmechanik und elektronisches Rechnen im Bauwesen der Universität Hannover. 2002 wurde er Professor an der FH Hannover/Nienburg. Seit 2007 hat er eine Professur für Baustatik, Massivbau, Mauerwerksbau an der damaligen Fachhochschule Ostfriesland/Oldenburg/Wilhelmshaven inne, der Vorgängerinstitution der heutigen Jade Hochschule.
Von 2015 bis 2024 leitete Prüser als Dekan den Fachbereich Bauwesen Geoinformation Gesundheitstechnologie. Zudem engagierte er sich von 2007 bis 2015 und seit 2024 als Studiendekan der Abteilung Bauwesen. Seine Forschungsaktivitäten konzentrierten sich auf die Digitalisierung im Bauwesen. Ein Thema, das er mit großem Nachdruck in Lehre und Praxis integrierte.