Die Hochschule verfügt über eine vielschichtige Struktur in den Bereichen Studium, Lehre und Forschung sowie in der Verwaltung. Sie besteht aus Fachbereichen, Instituten, zahlreichen Organisations- beziehungsweise Serviceeinrichtungen wie der Bibliothek und dem Rechenzentrum sowie diversen Referaten und Dezernaten wie dem International Office, der Pressestelle oder der Personalabteilung.
An der Spitze der Jade Hochschule steht ein fünfköpfiges Präsidium, das sich die Verantwortung für die unterschiedlichen Bereiche und Ressorts teilt. Die Fachbereiche werden von Dekanen oder Dekaninnen geleitet.
Neben der Hochschulleitung lenken unterschiedliche Gremien wie der Senat, der Hochschulrat oder der Lenkungsausschuss das Geschehen der Jade Hochschule.